Το JDT διαθέτει μια γραμμή εντολών της εφαρμογής Eclipse η οποία επιτρέπει στους χρήστες τη μορφοποίηση του πρωτογενή κώδικα Java είτε με τις προεπιλεγμένες επιλογές μορφοποίησης κώδικα του Eclipse ή με προσαρμοσμένες επιλογές.
Εκτέλεση της εφαρμογής μορφοποίησης