Οι επεξεργαστές σημειώσεων μπορούν να δημιουργήσουν πρόσθετο κώδικα Java ή άλλα αρχεία και να παράγουν δείκτες προβλημάτων, βάσει των σημειώσεων σε Java 5 (JSR-175). Το τμήμα παραθύρου προτιμήσεων επεξεργασίας σημειώσεων επιτρέπει τη ρύθμιση των προτιμήσεων που ισχύουν για όλους τους επεξεργαστές σε ένα έργο ή ένα χώρο εργασίας. Το τμήμα παραθύρου προτιμήσεων διαδρομής μεθόδου κατασκευής προσδιορίζει τους επεξεργαστές που είναι ενεργοποιημένοι και επιτρέπει τη ρύθμιση μεμονωμένων επεξεργαστών. Οι ρυθμίσεις στο τμήμα παραθύρου προτιμήσεων διαδρομής μεθόδου κατασκευής θα έχουν αποτέλεσμα μόνο αν είναι ενεργοποιημένη η επεξεργασία σημειώσεων στο τμήμα παραθύρου επεξεργασίας σημειώσεων.
Το τμήμα παραθύρου εμφανίζει μια λίστα με όλες τις πρόσθετες λειτουργίες και τα αρχεία jar που περιέχουν επεξεργαστές σημειώσεων οι οποίοι μπορούν να εφαρμοστούν στο έργο. Για να προσθέσετε ή να αφαιρέσετε αρχεία jar από τη λίστα, χρησιμοποιήστε τα αντίστοιχα κουμπιά. Τα αρχεία JAR μπορούν να προσδιοριστούν από την απόλυτη διαδρομή με τη χρήση του κουμπιού "Προσθήκη εξωτερικών JAR..." ή από διαδρομή σχετική με τη μεταβλητή διαδρομής κλάσεων με τη χρήση του κουμπιού "Προσθήκη μεταβλητής...". Όλες οι εγκατεστημένες πρόσθετες λειτουργίες που επεκτείνουν το σημείο επέκτασης "org.eclipse.jdt.apt.annotationProcessorFactory" εμφανίζονται επίσης στη λίστα.
Για να ενεργοποιήσετε μια συγκεκριμένη πρόσθετη λειτουργία ή ένα αρχείο JAR, επιλέξτε το αντίστοιχο τετραγωνίδιο επιλογής από τη λίστα. Οι επεξεργαστές που βρίσκονται εντός πρόσθετων λειτουργιών και αρχείων JAR και οι οποίοι δεν ελέγχονται δεν θα εκτελεστούν. Αν περισσότεροι του ενός επεξεργαστές απαιτούν την ίδια σημείωση, θα επιδοθεί η σημείωση μόνο στον πρώτο επεξεργαστή της λίστας. Για να αναδιατάξετε τη σειρά στη λίστα, χρησιμοποιήστε τα κουμπιά "Πάνω" και "Κάτω".
Το κουμπί "Ειδικές επιλογές..." οδηγεί στο παράθυρο διαλόγου ειδικών επιλογών διαδρομής μεθόδου κατασκευής, το οποίο χρησιμοποιείται το για την προβολή μεμονωμένων μεθόδων κατασκευής επεξεργαστή σε μια πρόσθετη λειτουργία ή αρχείο jar και τη ρύθμιση πρόσθετων επιλογών.