Eclipse-runtime definerer de plugins (org.eclipse.osgi og org.eclipse.core.runtime), som alle andre plugins er afhængige af. Denne runtime er ansvarlig for at definere en struktur for plugins og de implementeringsdetaljer (bundter og classloaders), der er bag dem. Den er også ansvarlig for at finde og udføre hoved-Eclipse-programmet og for vedligeholdelse af en plugin-registreringsdatabase, udvidelser og udvidelsespunkter.
Runtime stiller også en række funktioner til rådighed, f.eks. logning, indstillinger til sporing af fejlfinding, adaptere, et indstillingslager og en samtidighedsinfrastruktur. Som en meget lille kerne er runtime først interessant, når plugins, der benytter den og udfører en form for opgave, er oprettet. På lige fod med Atlas har runtime-plugin'en sin plads nederst i plugin-hoben, hvor den bærer Eclipse-universet på sine robuste skuldre.