Voit kohdistaa puhdistustoiminnon yksittäiseen Java-tiedostoon, Java-pakettiin tai Java-projektiin tai useaan projektiin valitsemalla Java-elementit ja valitsemalla vaihtoehdot Lähde > Puhdista....
Puhdistustoiminnolla voi mukauttaa usean tiedoston tai koko projektin tiettyyn koodin tyylistandardiin. Sen avulla voi myös tehdä eräajossa pikakorjauksia, joilla voi poistaa varoituksia, mahdollisia ohjelmointihäiriöitä ja tarpeetonta tai käyttämätöntä koodia.