Η συνιστώμενη σύμβαση για την ονομασία των αρχείων αποθήκευσης πρόσθετων λειτουργιών είναι
<id>_<version>.jar
Όπου το <id> αποτελεί την ταυτότητα της πρόσθετης λειτουργίας ή του τμήματος κώδικα και το <version> την ταυτότητα της πλήρους εκδοχής που περιέχεται στο αντίστοιχο αρχείο plugin.xml ή το fragment.xml. Πρέπει να σημειωθεί ότι πρόκειται για μια συνιστώμενη σύμβαση που ελαχιστοποιεί την πιθανότητα διένεξης, ωστόσο δεν απαιτείται από την αρχιτεκτονική του Eclipse. Ακολουθούν ορισμένα έγκυρα ονόματα αρχείων αποθήκευσης πρόσθετων λειτουργιών ως παράδειγμα:
org.eclipse.platform_1.0.3.jar
org.eclipse.ui.nl_2.0.jar
my_plugin.jar
Εσωτερικά, κάθε αρχείο αποθήκευσης πρόσθετων λειτουργιών συσκευάζει όλα τα σχετικά αρχεία πρόσθετων λειτουργιών ή τμημάτων κώδικα τα οποία σχετίζονται με τον κατάλογο πρόσθετων λειτουργιών ή τμημάτων κώδικά του (χωρίς, ωστόσο, να περιλαμβάνεται το στοιχείο διαδρομής καταλόγου). Το αρχείο αποθήκευσης έχει την ακόλουθη μορφή:
plugin.xml *OR* fragment.xml
other plug-in or fragment files and subdirectories
META-INF/
αρχεία jar δήλωσης και ασφάλειας Java