Ajonaikainen Eclipse-ympäristö määrittää lisäosat (org.eclipse.osgi ja org.eclipse.core.runtime), joista kaikki muut lisäosat ovat riippuvaisia. Ajonaikainen ympäristö on vastuussa lisäosien rakenteen määrityksestä ja niiden taustalla olevan toteutuksen tiedoista (resurssijoukoista ja luokanlataustoiminnoista). Ajonaikainen ympäristö vastaa myös Eclipse-pääsovelluksen hausta ja toteutuksesta sekä lisäosien, niiden laajennusten ja laajennuspisteiden rekisterin ylläpidosta.
Ajonaikaisessa ympäristössä on myös valikoima aputoimintoja, joita ovat kirjaus, vianmäärityksen jäljitysvalinnat, sovittimet, oletusarvojen varasto ja samanaikaisuuden rakenne. Koska kyseessä on vähimmäisydin, ajonaikainen ympäristö on kiinnostava vasta, kun lisäosat käyttävät sitä ja jonkinlaisia toimintoja luodaan. Ajonaikainen lisäosa muodostaa lisäosakeon pohjalla koko Eclipse-ympäristön vakaan perustan.