Ekskluderings- og inkluderingsfiltre er Ant-filmønstre som ytterligere definerer settet med kildefiler som skal behandles av Java Builder og andre JDT-verktøy. For å muliggjøre nesting av kildemapper i hverandre eller rett og slett utelate deler av et kildetre kan man knytte ekskluderingsfiltre til en kildemappe. Symmetrisk kan inkluderingsfiltre brukes til å inkludere en annen del av et kildetre. Java-byggeren vil ignorere kildefiler som er ekskludert, og dem som ikke er inkludert.