La finestra di dialogo Preferenze consente di definire un layout di pagina predefinito e di personalizzare l'applicazione in molti altri modi. Per modificare le preferenze, scegliere Modifica > Preferenze (Windows/UNIX) o Reader > Preferenze (Mac OS), quindi selezionare il pannello desiderato in Categorie. Per visualizzare i file PDF, analizzare le opzioni per le preferenze di Documenti, Generali, Multimedia e Visualizzazione pagina.
Le impostazioni delle preferenze consentono di controllare il funzionamento dell'applicazione durante l'utilizzo e non sono associate ad alcun documento PDF specifico.