In het dialoogvenster Voorkeuren kunt u een standaardpagina-indeling definiëren en kunt u de toepassing op andere manieren aanpassen. Als u voorkeuren wilt wijzigen, kiest u Bewerken > Voorkeuren (Windows/UNIX) of Reader > Voorkeuren (Mac OS) en selecteert u onder Categorieën het gewenste venster. Voor de weergave van PDF's bekijkt u de voorkeuropties voor Documenten, Algemeen, Multimedia en Paginaweergave.
De voorkeurinstellingen bepalen het gedrag van de toepassing. De instellingen worden niet gekoppeld aan een specifiek PDF-document.