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- Bio::Tree::Edge
- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PDB::Chain

Bio::PDB::Chain is a class to store a chain.

The object would contain some residues (Bio::PDB::Residue objects) and some heterogens (Bio::PDB::Heterogen objects).

### Attributes

chain_id[RW]

Identifier of this chain

heterogens[R]

heterogens in this chain

id[RW]

Identifier of this chain

model[R]

the model to which this chain belongs.

residues[R]

residues in this chain

### Public Class Methods

new(id = nil, model = nil) click to toggle source

Creates a new chain object.

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 39
    def initialize(id = nil, model = nil)

      @chain_id  = id

      @model    = model

      @residues   = []
      @residues_hash = {}
      @heterogens = []
      @heterogens_hash = {}
    end

### Public Instance Methods

<=>(other) click to toggle source

Operator aimed to sort based on chain id

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 165
    def <=>(other)
      return @chain_id <=> other.chain_id
    end

[](key) click to toggle source

get the residue by id.

Compatibility Note: Now, you cannot find HETATMS in this method. To add "LIGAND" to the id is no longer available. To get heterogens, you must use `get_heterogen_by_id`.

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 76
    def [](key)
      get_residue_by_id(key)
    end

aaseq() click to toggle source

gets an amino acid sequence of this chain from ATOM records

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 181
    def aaseq
      unless defined? @aaseq
        string = ""
        last_residue_num = nil
        @residues.each do |residue|
          if last_residue_num and
              (x = (residue.resSeq.to_i - last_residue_num).abs) > 1 then
            x.times { string << 'X' }
          end
          tlc = residue.resName.capitalize
          olc = (begin
                   Bio::AminoAcid.three2one(tlc)
                 rescue ArgumentError
                   nil
                 end || 'X')
          string << olc
        end
        @aaseq = Bio::Sequence::AA.new(string)
      end
      @aaseq
    end

Also aliased as: atom_seq
addLigand(ligand) click to toggle source

Add a heterogen (ligand) to this chain

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 99
    def addLigand(ligand)
      raise "Expecting a Bio::PDB::Residue" unless ligand.is_a? Bio::PDB::Residue
      @heterogens.push(ligand)
      if @heterogens_hash[ligand.residue_id] then
        $stderr.puts "Warning: heterogen_id (residue_id) #{ligand.residue_id.inspect} is already used" if $VERBOSE
      else
        @heterogens_hash[ligand.residue_id] = ligand
      end
      self
    end

addResidue(residue) click to toggle source

Add a residue to this chain

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 87
    def addResidue(residue)
      raise "Expecting a Bio::PDB::Residue" unless residue.is_a? Bio::PDB::Residue
      @residues.push(residue)
      if @residues_hash[residue.residue_id] then
        $stderr.puts "Warning: residue_id #{residue.residue_id.inspect} is already used" if $VERBOSE
      else
        @residues_hash[residue.residue_id] = residue
      end
      self
    end

atom_seq() click to toggle source

for backward compatibility

Alias for: aaseq
each() click to toggle source

Iterates over each residue

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 153
    def each(&x) #:yields: residue
      @residues.each(&x)
    end

Also aliased as: each_residue
each_heterogen() click to toggle source

Iterates over each hetero-compound

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 160
    def each_heterogen(&x) #:yields: heterogen
      @heterogens.each(&x)
    end

each_residue() click to toggle source

Alias to override ResidueFinder#each_residue

Alias for: each
get_heterogen_by_id(key) click to toggle source

get the heterogen (ligand) by id

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 81
    def get_heterogen_by_id(key)
      #@heterogens.find { |r| r.residue_id == key }
      @heterogens_hash[key]
    end

get_residue_by_id(key) click to toggle source

get the residue by id

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 66
    def get_residue_by_id(key)
      #@residues.find { |r| r.residue_id == key }
      @residues_hash[key]
    end

inspect() click to toggle source

returns a string containing human-readable representation of this object.

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 176
    def inspect
      "#<#{self.class.to_s} id=#{chain_id.inspect} model.serial=#{(model ? model.serial : nil).inspect} residues.size=#{residues.size} heterogens.size=#{heterogens.size} aaseq=#{aaseq.inspect}>"
    end

rehash() click to toggle source

rehash residues hash and heterogens hash

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 147
    def rehash
      rehash_residues
      rehash_heterogens
    end

rehash_heterogens() click to toggle source

rehash heterogens hash

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 129
    def rehash_heterogens
      begin
        heterogens_bak = @heterogens
        heterogens_hash_bak = @heterogens_hash
        @heterogens = []
        @heterogens_hash = {}
        heterogens_bak.each do |heterogen|
          self.addLigand(heterogen)
        end
      rescue RuntimeError
        @heterogens = heterogens_bak
        @heterogens_hash = heterogens_hash_bak
        raise
      end
      self
    end

rehash_residues() click to toggle source

rehash residues hash

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 111
    def rehash_residues
      begin
        residues_bak = @residues
        residues_hash_bak = @residues_hash
        @residues = []
        @residues_hash = {}
        residues_bak.each do |residue|
          self.addResidue(residue)
        end
      rescue RuntimeError
        @residues = residues_bak
        @residues_hash = residues_hash_bak
        raise
      end
      self
    end

to_s() click to toggle source

Stringifies each residue

    # File lib/bio/db/pdb/chain.rb, line 170
    def to_s
      @residues.join('') + "TER\n" + @heterogens.join('')
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.