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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::Sim4::Report::SegmentPair

Sequence segment pair of the sim4 result. Similar to Bio::Blast::Report::HSP but lacks many methods. For mRNA-genome mapping programs, unlike other homology search programs, the class is used not only for exons but also for introns. (Note that intron data would not be available according to run-time options of the program.)

### Attributes

direction[R]

Returns directions of mapping. Maybe one of "->", "<-", "==" or "" or nil. This would be a Bio::Sim4 specific method.

midline[R]

Returns the "midline" of the segment pair. Returns nil if no alignment data are available.

percent_identity[R]

Returns percent identity of the segment pair.

seq1[R]

Returns segment informations of 'seq1'. Returns a Bio::Sim4::Report::Segment object. These would be Bio::Sim4 specific methods.

seq2[R]

Returns segment informations of 'seq2'. Returns a Bio::Sim4::Report::Segment object. These would be Bio::Sim4 specific methods.

### Public Class Methods

both_intron(prev_e, e, aln) click to toggle source

Parses part of sim4 result text and creates a new SegmentPair object for regions which can not be aligned correctly. It is designed to be called internally from Bio::Sim4::Report::Hit class. Users shall not use it directly.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 206
    def self.both_intron(prev_e, e, aln)
      self.new(Segment.new(prev_e.seq1.to+1, e.seq1.from-1, aln[0]),
               Segment.new(prev_e.seq2.to+1, e.seq2.from-1, aln[2]),
               aln[1])
    end

new(seq1, seq2, midline = nil, percent_identity = nil, direction = nil) click to toggle source

Creates a new SegmentPair object. It is designed to be called internally from Bio::Sim4::Report::Hit object. Users shall not use it directly.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 139
    def initialize(seq1, seq2, midline = nil,
                   percent_identity = nil, direction = nil)
      @seq1 = seq1
      @seq2 = seq2
      @midline = midline
      @percent_identity = percent_identity
      @direction = direction
    end

parse(str, aln) click to toggle source

Parses part of sim4 result text and creates a new SegmentPair object. It is designed to be called internally from Bio::Sim4::Report::Hit class. Users shall not use it directly.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 172
    def self.parse(str, aln)
      /^(\d+)\-(\d+)\s*\((\d+)\-(\d+)\)\s*([\d\.]+)\%\s*([\-\<\>\=]*)/ =~ str
      self.new(Segment.new($1, $2, aln[0]),
               Segment.new($3, $4, aln[2]),
               aln[1], $5, $6)
    end

seq1_intron(prev_e, e, aln) click to toggle source

Parses part of sim4 result text and creates a new SegmentPair object when the seq1 is a intron. It is designed to be called internally from Bio::Sim4::Report::Hit class. Users shall not use it directly.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 184
    def self.seq1_intron(prev_e, e, aln)
      self.new(Segment.new(prev_e.seq1.to+1, e.seq1.from-1, aln[0]),
               Segment.new(nil, nil, aln[2]),
               aln[1])
    end

seq2_intron(prev_e, e, aln) click to toggle source

Parses part of sim4 result text and creates a new SegmentPair object when seq2 is a intron. It is designed to be called internally from Bio::Sim4::Report::Hit class. Users shall not use it directly.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 195
    def self.seq2_intron(prev_e, e, aln)
      self.new(Segment.new(nil, nil, aln[0]),
               Segment.new(prev_e.seq2.to+1, e.seq2.from-1, aln[2]),
               aln[1])
    end

### Public Instance Methods

align_len() click to toggle source

Returns alignment length of the segment pair. Returns nil if no alignment data are available.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 238
    def align_len
      (@midline and @seq1.seq and @seq2.seq) ? @midline.length : nil
    end

hit_from() click to toggle source

start position of the hit(target) (the first position is 1)

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 227
    def hit_from;   @seq2.from; end

hit_to() click to toggle source

end position of the hit(target) (including its position)

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 230
    def hit_to;     @seq2.to;   end

hseq() click to toggle source

hit(target) sequence (with gaps) of the alignment of the segment pair.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 234
    def hseq;       @seq2.seq;  end

qseq() click to toggle source

query sequence (with gaps) of the alignment of the segment pair.

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 224
    def qseq;       @seq1.seq;  end

query_from() click to toggle source

start position of the query (the first position is 1)

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 218
    def query_from; @seq1.from; end

query_to() click to toggle source

end position of the query (including its position)

    # File lib/bio/appl/sim4/report.rb, line 221
    def query_to;   @seq1.to;   end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.