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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::Iprscan::Report

# DESCRIPTION

Class for InterProScan report. It is used to parse results and reformat results from (raw|xml|txt) into (html, xml, ebihtml, txt, gff3) format.

See ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/README.html

## USAGE

    # Read a marged.txt and split each entry.
    Bio::Iprscan::Report.parse_txt(File.read("marged.txt")) do |report|
      report.query_id
      report.matches.size
      report.matches.each do |match|
        match.ipr_id #=> 'IPR...'
        match.ipr_description
        match.method
        match.accession
        match.description
        match.match_start
        match.match_end
        match.evalue
      end
      # report.to_gff3
      # report.to_html
    end

    Bio::Iprscan::Report.parse_raw(File.read("marged.raw")) do |report|
      report.class #=> Bio::Iprscan::Report
    end

### Constants

RS

  Entry delimiter pattern.

### Attributes

crc64[RW]

CRC64 checksum of query sequence.

entry_id[RW]

Qeury sequence name (entry_id).

matches[RW]

Matched InterPro motifs in Hash. Each InterPro motif have :name, :definition, :accession and :motifs keys. And :motifs key contains motifs in Array. Each motif have :method, :accession, :definition, :score, :location_from and :location_to keys.

query_id[RW]

Qeury sequence name (entry_id).

query_length[RW]

Qeury sequence length.

### Public Class Methods

new() click to toggle source

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 236
    def initialize
      @query_id = nil
      @query_length = nil
      @crc64 = nil
      @matches = []
    end

parse_ptxt(io) click to toggle source

Splits entry stream.

## Usage

    Bio::Iprscan::Report.parse_ptxt(File.open("merged.txt")) do |report|
      report
    end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 194
    def self.parse_ptxt(io)
      io.each("\n\/\/\n") do |entry|
        yield self.parse_ptxt_entry(entry)
      end
    end

parse_ptxt_entry(str) click to toggle source

Parser method for a pseudo-txt formated entry. Retruns a Bio::Iprscan::Report object.

## Usage

    File.read("marged.txt").each(Bio::Iprscan::Report::RS) do |e|
      report = Bio::Iprscan::Report.parse_ptxt_entry(e)
    end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 209
    def self.parse_ptxt_entry(str)
      report = self.new
      ipr_line = ''
      str.split(/\n/).each do |line|
        line = line.split("\t")
        if line.size == 2
          report.query_id = line[0]
          report.query_length = line[1].to_i
        elsif line.first == '//'
        elsif line.first == 'InterPro'
          ipr_line = line
        else
          startp, endp = line[4].split("-")
          report.matches << Match.new(:ipr_id => ipr_line[1],
                                      :ipr_description => ipr_line[2],
                                      :method => line[0],
                                      :accession => line[1],
                                      :description => line[2],
                                      :evalue => line[3],
                                      :match_start => startp.to_i,
                                      :match_end => endp.to_i)
        end
      end
      report
    end

parse_raw(io) click to toggle source

## USAGE

    Bio::Iprscan::Report.parse_raw(File.open("merged.raw")) do |report|
      report
    end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 72
    def self.parse_raw(io)
      entry = ''
      while line = io.gets
        if entry != '' and entry.split("\t").first == line.split("\t").first
          entry << line
        elsif entry != ''
          yield Bio::Iprscan::Report.parse_raw_entry(entry)
          entry = line
        else
          entry << line
        end
      end
      yield Bio::Iprscan::Report.parse_raw_entry(entry) if entry != ''
    end

parse_raw_entry(str) click to toggle source

Parser method for a raw formated entry. Retruns a Bio::Iprscan::Report object.

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 89
    def self.parse_raw_entry(str)
      report = self.new
      str.split(/\n/).each do |line|
        line = line.split("\t")
        report.matches << Match.new(:query_id => line[0],
                                    :crc64    => line[1],
                                    :query_length => line[2].to_i,
                                    :method       => line[3],
                                    :accession    => line[4],
                                    :description => line[5],
                                    :match_start => line[6].to_i,
                                    :match_end   => line[7].to_i,
                                    :evalue => line[8],
                                    :status => line[9],
                                    :date   => line[10])
        if line[11]
          report.matches.last.ipr_id = line[11]
          report.matches.last.ipr_description = line[12]
        end
        report.matches.last.go_terms = line[13].scan(/(\w+ \w+\:.+? \(GO:\d+\))/).flatten if line[13]
      end
      report.query_id = report.matches.first.query_id
      report.query_length = report.matches.first.query_length
      report
    end

parse_txt(io) click to toggle source

Splits the entry stream.

## Usage

    Bio::Iprscan::Report.reports_txt(File.open("merged.txt")) do |report|
      report.class #=> Bio::Iprscan::Report
    end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 130
    def self.parse_txt(io)
      io.each("\n\nSequence") do |entry|
        if entry =~ /Sequence$/
          entry = entry.sub(/Sequence$/, '')
        end
        unless entry =~ /^Sequence/
          entry = 'Sequence' + entry
        end
        yield self.parse_txt_entry(entry)
      end
    end

parse_txt_entry(str) click to toggle source

Parser method for a txt formated entry. Returns a Bio::Iprscan::Report object.

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 147
    def self.parse_txt_entry(str)
      unless str =~ /^Sequence /
        raise ArgumentError, "Invalid format:  \n\n#{str}"
      end
      header, *matches = str.split(/\n\n/)
      report = self.new
      report.query_id = if header =~ /Sequence \"(.+)\" / then $1 else '' end
      report.query_length = if header =~ /length: (\d+) aa./ then $1.to_i else nil end
      report.crc64 = if header =~ /crc64 checksum: (\S+) / then $1 else nil end
      ipr_line = ''
      go_annotation = ''
      matches.each do |m|
        m = m.split(/\n/).map {|x| x.split(/  +/) }
        m.each do |match|
          case match[0]
          when 'method'
          when /(Molecular Function|Cellular Component|Biological Process):/
            go_annotation = match[0].scan(/([MCB]\w+ \w+): (\S.+?\S) \((GO:\d+)\),*/)
          when 'InterPro'
            ipr_line = match
          else
            pos_scores = match[3].scan(/(\S)\[(\d+)-(\d+)\] (\S+) */)
            pos_scores.each do |pos_score|
              report.matches << Match.new(:ipr_id          => ipr_line[1],
                                          :ipr_description => ipr_line[2],
                                          :method      => match[0],
                                          :accession   => match[1],
                                          :description => match[2],
                                          :evalue      => pos_score[3],
                                          :status      => pos_score[0],
                                          :match_start => pos_score[1].to_i,
                                          :match_end   => pos_score[2].to_i,
                                          :go_terms => go_annotation)
            end
          end
        end
      end
      return report
    end

### Public Instance Methods

format_raw() click to toggle source

def format_txt end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 266
    def format_raw
      @matches.map { |match|
        [self.query_id,
         self.crc64,
         self.query_length,
         match.method_name,
         match.accession,
         match.description,
         match.match_start,
         match.match_end,
         match.evalue,
         match.status,
         match.date,
         match.ipr_id,
         match.ipr_description,
         match.go_terms.map {|x| x[0] + ': ' + x[1] + ' (' + x[2] + ')' }.join(', ')
        ].join("\t")
      }.join("\n")
    end

output(format_type) click to toggle source

Output interpro matches in the format_type.

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 245
    def output(format_type)
      case format_type
      when 'raw', :raw
        format_raw
      else
        raise NameError, "Invalid format_type."
      end
    end

to_hash() click to toggle source

Returns a Hash (key as an Interpro ID and value as a Match).

    report.to_hash.each do |ipr_id, matches|
      matches.each do |match|
        report.matches.ipr_id == ipr_id #=> true
      end
    end

    # File lib/bio/appl/iprscan/report.rb, line 298
    def to_hash
      unless @ipr_ids
        @ipr_ids = {}
        @matches.each_with_index do |match, i|
          @ipr_ids[match.ipr_id] ||= []
          @ipr_ids[match.ipr_id] << match
        end
        return @ipr_ids
      else
        return @ipr_ids
      end
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.