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- Bio::Tree::Edge
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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::Location

## Description

The Bio::Location class describes the position of a genomic locus. Typically, Bio::Location objects are created automatically when the user creates a Bio::Locations object, instead of initialized directly.

## Usage

    location = Bio::Location.new('500..550')
    puts "start=" + location.from.to_s + ";end=" + location.to.to_s

    #, or better: through Bio::Locations
    locations = Bio::Locations.new('500..550')
    locations.each do |location|
      puts "start=" + location.from.to_s + ";end=" + location.to.to_s
    end

### Attributes

carat[RW]

(true, false or nil) true if the location indicates the site between two adjoining nucleotides

from[RW]

(Integer) start position of the location

gt[RW]

(true, false or nil) true if the position contains '>'

lt[RW]

(true, false or nil) true if the position contains '<'

sequence[RW]

(String) literal sequence of the location

strand[RW]

(Integer) strand direction of the location (forward => 1 or complement => -1)

to[RW]

(Integer) end position of the location

xref_id[RW]

(String) link to the external entry as GenBank ID

### Public Class Methods

new(location = nil) click to toggle source

Parses a'location' segment, which can be 'ID:' + ('n' or 'n..m' or 'n^m' or "seq") with '<' or '>', and returns a Bio::Location object.

    location = Bio::Location.new('500..550')

Arguments:

- (required) str: GenBank style position string (see Bio::Locations documentation)

Returns | the Bio::Location object

    # File lib/bio/location.rb, line 45
      def initialize(location = nil)

        if location
          if location =~ /:/                                # (G) ID:location
            xref_id, location = location.split(':')
          end
          if location =~ /</                                # (I) <,>
            lt = true
          end
          if location =~ />/
            gt = true
          end
        end

        # s : start base, e : end base => from, to
        case location
        when /^[<>]?(\d+)$/                                 # (A, I) n
          s = e = $1.to_i
        when /^[<>]?(\d+)\.\.[<>]?(\d+)$/                   # (B, I) n..m
          s = $1.to_i
          e = $2.to_i
          if e - s < 0
    #       raise "Error: invalid range : #{location}"
            $stderr.puts "[Warning] invalid range : #{location}" if $DEBUG
          end
        when /^[<>]?(\d+)\^[<>]?(\d+)$/                     # (C, I) n^m
          s = $1.to_i
          e = $2.to_i
          carat = true
          if e - s != 1 or e != 1 # assert n^n+1 or n^1
    #       raise "Error: invalid range : #{location}"
            $stderr.puts "[Warning] invalid range : #{location}" if $DEBUG
          end
        when /^"?([ATGCatgc]+)"?$/                  # (H) literal sequence
          sequence = $1.downcase
          s = e = nil
        when nil
          ;
        else
          raise "Error: unknown location format : #{location}"
        end

        @from       = s             # start position of the location
        @to         = e             # end position of the location
        @strand     = 1             # strand direction of the location
                                    #   forward => 1 or complement => -1
        @sequence   = sequence      # literal sequence of the location
        @lt         = lt            # true if the position contains '<'
        @gt         = gt            # true if the position contains '>'
        @xref_id    = xref_id       # link to the external entry as GenBank ID
        @carat      = carat         # true if the location indicates the site
                                    # between two adjoining nucleotides
      end

### Public Instance Methods

<=>(other) click to toggle source

Check where a Bio::Location object is located compared to another Bio::Location object (mainly to facilitate the use of Comparable). A location A is upstream of location B if the start position of location A is smaller than the start position of location B. If they're the same, the end positions are checked.

Arguments:

- (required) _other location_: a Bio::Location object

Returns |

- 1 if self < other location

- -1 if self > other location

- 0 if both location are the same

- nil if the argument is not a Bio::Location object

    # File lib/bio/location.rb, line 163
    def <=>(other)
      if ! other.kind_of?(Bio::Location)
        return nil
      end

      if @from.to_f < other.from.to_f
        return -1
      elsif @from.to_f > other.from.to_f
        return 1
      end

      if @to.to_f < other.to.to_f
        return -1
      elsif @to.to_f > other.to.to_f
        return 1
      end
      return 0
    end

==(other) click to toggle source

If other is equal with the self, returns true. Otherwise, returns false.

Arguments:

- (required) other: any object

Returns | true or false

    # File lib/bio/location.rb, line 188
    def ==(other)
      return true if super(other)
      return false unless other.instance_of?(self.class)
      flag = false
      [ :from, :to, :strand, :sequence, :lt, :gt,
        :xref_id, :carat ].each do |m|
        begin
          flag = (self.__send__(m) == other.__send__(m))
        rescue NoMethodError, ArgumentError, NameError
          flag = false
        end
        break unless flag
      end
      flag
    end

complement() click to toggle source

Complements the sequence location (i.e. alternates the strand). Note that it is destructive method (i.e. modifies itself), but it does not modify the "sequence" attribute.

Returns | the Bio::Location object

    # File lib/bio/location.rb, line 129
    def complement
      @strand *= -1
      self                                        # return Location object
    end

range() click to toggle source

Returns the range (from..to) of the location as a Range object.

    # File lib/bio/location.rb, line 146
    def range
      @from..@to
    end

replace(sequence) click to toggle source

Replaces the sequence of the location.

Arguments:

- (required) sequence: sequence to be used to replace the sequence at the location

Returns | the Bio::Location object

    # File lib/bio/location.rb, line 140
    def replace(sequence)
      @sequence = sequence.downcase
      self                                        # return Location object
    end

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