O próprio MQSeries não administra ou suporta nenhuma estrutura específica da mensagem que ele transporta.
Outros produtos, tal como MQSeries Integrator (MQSI) oferecem suporte para mensagens formadas como cadeias C ou Cobol ou como XML. As mensagens estruturadas no MQSI são definidas por um repositório de mensagens. Tipicamente, as mensagens XML têm uma estrutura de mensagens de auto-descrição e também podem ser gerenciadas através do repositório. As mensagens também podem ser desestruturadas, requerendo o código do usuário para analisar ou construir o conteúdo da mensagem. Tais mensagens, muitas vezes, são semi-estruturadas, isto é, elas utilizam posições de byte ou delimitadores fixos para separar os campos dentro de uma mensagem. O suporte para tais mensagens semi-estruturadas é fornecido pelo Assistente Assist do MQSeries. O suporte para mensagens XML é fornecido através de alguns novos recursos para o DB2 XML Extender.