Vous pouvez utiliser la gestion de licences Rational Common Licensing (fondé sur le logiciel FLEXlm) ou ClearCase Atria. Lors de l'installation, vous pouvez choisir une seule méthode de gestion de licence : Rational Common Licensing ou ClearCase Atria. Après l'installation, vous pouvez basculer de façon dynamique d'un mode de licence à un autre.
L'intérêt de l'utilisation de Rational Common Licensing est que vous pouvez, à partir d'un seul serveur de licences Rational, gérer toutes les licences de Rational ClearCase, IBM Rational ClearQuest, ainsi que celles d'autres produits IBM Rational qui utilisent Rational Common Licensing.
IBM Rational License Key Center affiche deux types de clés de licences pour IBM Rational ClearCase : les clés Rational ClearCase dites "classiques" et les clés Rational ClearCase basées sur le logiciel FLEXlm. Les clés de licence Rational ClearCase "classiques" font référence aux licences ClearCase Atria.