Il est possible de définir la priorité d'un type de retenue lors de l'administration du système. Cette priorité indique l'ordre de traitement des types de retenue lors de la génération d'un paiement. Les retenues sont classées par ordre d'importance par chaque organisation. Par exemple, il peut être plus important de traiter une retenue destinée à couvrir des frais de logement plutôt qu'une retenue devant permettre de rembourser une dette due à une organisation.
Lors de la création ou de la mise à jour d'un type de retenue, une fonction de tri identifie la priorité de ce type et la compare à la priorité des autres types de retenue précédemment créés. La fonction augmente ou réduit ensuite automatiquement les priorités existantes en fonction du résultat, afin de garantir la synchronisation de l'ensemble des paramètres de priorité avec la nouvelle priorité.
Prenons par exemple deux retenues de type différent, la priorité de la première retenue étant définie sur 1 et celle de la deuxième sur 2. Un nouveau type de retenue est créé avec une priorité de 1. Le système modifie alors automatiquement les priorités des deux premières retenues : la priorité des nouvelles retenues créées étant de 1, celle de la première retenue passe à 2 tandis que celle de la deuxième retenue passe à 3.
Tous les types de retenue présentent une option permettant l'affectation automatique du niveau de priorité. Cette option permet d'éviter la définition manuelle des priorités. Chaque nouveau type de retenue se voit ainsi automatiquement attribuer le niveau de priorité disponible suivant par le système, autrement dit, un niveau de priorité non encore utilisé par un autre type de retenue.