MQSeries unterstützt oder erfordert keine bestimmte Struktur der zu übertragenden Nachrichten.
Andere Produkte, wie beispielsweise MQSeries Integrator (MQSI), bieten dagegen Unterstützung für Nachrichten, die als C-, Cobol- oder XML-Zeichenfolgen erstellt wurden. Strukturierte Nachrichten werden in MQSI durch ein Nachrichten-Repository definiert. XML-Nachrichten verfügen normalerweise über eine selbsterklärende Nachrichtenstruktur und können ebenfalls über das Repository verwaltet werden. Nachrichten können auch unstrukturiert sein. In diesem Fall ist zum syntaktischen Analysieren oder Erstellen des Nachrichteninhalts Benutzercode erforderlich. Nachrichten dieser Art sind häufig semistrukturiert, d. h zum Unterteilen der Felder innerhalb der Nachricht werden Bytepositionen oder feste Begrenzer verwendet. Der Assistent "MQSeries Assist" bietet Unterstützung für semistrukturierte Nachrichten. XML-Nachrichten werden durch einige der neuen Funktionen von DB2 XML Extender unterstützt.